在这一夜里,除了伊藤博文、山县有朋之外,还有山本权兵卫、小村寿太郎、桦山咨纪、高桥是清等行政官员,还有几名财阀都遭到了暴乱队伍的攻击,有的运气好一点,趁着混乱逃了出来,躲过了一劫;但也有的运气差,被暴乱队伍打死。
一直到凌晨6点多钟的时间,东京守备司令部收到了天皇的御旨,调动军队进入东京市区,镇压暴乱队伍,维持东京的秩序。
本来在正常情况下,日本天皇是不会亲自给其他机构下令的,而是下令给内阁,由内阁去俱体操力1。但今天的情况特殊,皇宫里在凌晨3点左右时就收到了暴乱队伍的消息,明治天皇从睡梦中惊醒之后也吓得不轻,这段时间明治天皇的身体不太好,一则是现在明治天皇也是快60的老人了,身体自然不比甲午时期的壮年;二则是远东战争结束之后,明治天皇心忧国事,心情自然不会好,心情不好,身体当然就差。于是明治天皇立刻起身穿衣,因为再睡也睡不着了,而在更衣的同时,明治天皇又下令命内阁调动军队,镇压东京的暴乱事件。
但命令发下了,明治天皇这才想起来,山本权兵卫己经辞职了,内阁也被解散了,新的首相、内阁还没有成立,正好赶到这个时间点上,那这命令下给谁去。
这一下明治天皇也犯了难,现在暴乱的消息却还在不断的传来,现在暴乱队伍的规模也越来越大,除了攻击官员、财阀之外,还有相当一部份攻击商铺、银行等机构,如果就这样放任下去,还不知会造成什么后果,而且现在明治天皇身边也没个人商量一下,明治天皇心里这个郁闷。
一直到凌晨5点多钟的时候,根据报告,这时暴乱队伍的规模己扩大到了数万人,恶行己遍及大半个东京地区,有不少地方都发生了火灾,甚致有的暴乱队伍在攻击外国使馆。明治天皇也知道不能再犹豫下去了,否则后果就难以收拾了,只得亲自下令给东京守备司令部,命令他们出动军队,镇压东京的暴乱行为,同时又下令给陆军参谋部和海军军令部,命令他们立刻调集各自的军队,准备支援东京守备司令部的军队。
但东京守备司令部从来没有收到过天皇的御令,因此接到命令之后还不敢相信,又派人到皇宫去确认,等到确认了这御令是真的,才招集军队,布置各部队的防区等事宜,结果等到军队出动以后,己快到清晨7点。
不过天亮也有天亮的好处,就是什么都看得清楚,也方便军队进行镇压。虽然这时暴乱的人数己达10余万,但毕竟和军队没法比,而到了第2天,陆军、海军的队伍也都开进东京,使参与镇压暴乱的日本军队己达7万余人。但就是如此,还是足足用了3天时间,才算是将这次暴乱行动平息下去,东京才基本恢复了平静。
而经过查点之后,在这次暴乱中,共计有6673人死亡,10964人受伤,812间房间被烧毁,1000余家商铺,20余家银行被抢劫,初步估算经济损失高达数百万日元。当然经济损失还算是其次的,最严重的损失还是人,共计有伊藤博文、小村寿太郎、大畏重信、井上馨等4位重臣死于暴乱,另外还有山县有朋因受伤太重,在3天后不治身亡,同时遇难的还有3名财阀,而寺内政毅、桂太郎、山本权兵卫、高桥是清等官员也都在暴乱中受伤,因此可以说这次日本的损失极为巨大。好在是在暴乱发生前,日本在各使馆布置了大量的警力,总算是没有让暴徒攻破各使馆,也算是不幸中的万幸。
暴乱虽然被平息下去,但后续的清算工作足足持序了近1个月,仅抓捕的人员就达4万5千余人,几乎是只要参与了暴行的人都被抓捕。主犯被确认17人,主从犯确认41人、次从犯多达500余人。
明治天皇对这次暴乱相当的行为是相当的恼火,因此对他们的处罚极为严厉,主犯、主从犯均被处以死刑,次从犯被判罚无期,发配到北海道服役终身,其余参与人员最少的也被判罚10年的刑期。
而在新首相的确立方面,寺内政毅身受重伤,一时半会好不了,而且这次暴乱中有共计417名陆军士兵参与,也让陆军系十分尴尬,显然再由陆军系出任首相,也是难以服众的。最后众人协商决定,由西园寺公望出任首相,重新组阁。
西园寺公望是明治维新的元老之一,也是政友会的组建者之一,无论是个人威信,还是资历,都是目前日本出任首相的最佳人选,也是各方势力都能认同的人选。